通常来说，大约经过这样几个阶段：
　　1）准备阶段：高层管理者的承诺与支持建立环境体系，在此基础上，成立规划环境管理体系的领导小组和工作小组，明确建立环境管理体系的目的和范围、时间、进度和资源配置计划，然后开展宣传、培训，使得全体员工能了解建立环境管理体系的目的、意义、克服认识上的障碍。
　　2）初始环境评审阶段：组织可以请咨询部门、专家来指导工作，也可以由组织的内部审核员自己承担。这一阶段对尚无环境管理体系而需要建立的组织显得尤为必须，通过汇总组织的环境管理和环境污染实际情况，发现目前薄弱环境和问题所在，分析其有关的环境因素和差距，为确立改进计划奠定基础。
　　3）环境管理体系的设计阶段：环境管理体系的设计是最关键的阶段，在体系设计过程中最重要的几个因素就是环境方针、环境行动计划、组织结构、资源支持、执行程序监测信息系统以及应急计划和纠正措施等等。设计好这些要素之后形成一套环境管理体系文件。环境管理体系文件一般分为4类：①环境管理手册，②环境管理程序规定，③岗位操作指导书，④原始记录。
　　4）环境管理体系的运行阶段：环境管理体系的运行阶段是对阶段建立的环境管理体系的验证，环境管理体系是否能够正常运行，所制定的环境方针和目标是否能够实现，都必须在运行过程中才能够得到答案。也只有在运行阶段积累一定的经验之后，才能够建立运行控制保证体系，对日常管理要求提出规定性指标、标准、程序和要求，使全体员工了解而且必须加以遵守。
　　5）环境管理体系的评审和改进阶段：为使环境管理体系处于一个持续改进的过程中，使组织的环境行为、水平和效果不断得以提高，必须设置评审与改进的环节，只有如此才能够使建立起来的环境管理体系产生持续改进的效果并确保适用性、充分性和有效性。